Kipchoge sinh ngày 5 tháng 11 năm 1984 tại Kapsisiywa, Quận Nandi của Kenya. Kipchoge tốt nghiệp trường trung học Kaptel năm 1999 nhưng sau đó không hoạt động nghiêm túc.[6][7][8] Mỗi ngày anh chạy 2 dặm Anh đến trường.[9] Kipchoge được nuôi dưỡng bởi một người mẹ đơn thân (một giáo viên), và chỉ biết cha mình từ những bức tranh. Anh là con út trong bốn người con. Anh đã gặp huấn luyện viên của mình Patrick Sang (một cựu vận động viên Olympic ở môn trượt dốc) năm 2001 khi 16 tuổi.[2]

Kipchoge sống với vợ và ba con ở Eldoret, Kenya.[10][11]